Bioteknologi merupakan ilmu terapan yang melibatkan berbagai cabang ilmu pengetahuan dan teknologi, dimana ia memiliki tujuan untuk meningkatkan manfaat organisme hidup (atau bagiannya) agar dapat menghasilkan produk bernilai tambah (barang dan jasa). Ilmu bioteknologi memperhatikan perkembangan bioteknologi di khususnya di negara maju dan juga memenuhi kebutuhan produk biologi bernilai tambah tinggi di Indonesia.
Program Magister Bioteknologi didirikan pada tahun 2003. Program ini dirancang untuk menghasilkan tenaga kerja yang unggul di bidang bioteknologi yang mampu mengembangkan sumber daya alam hayati menjadi produk bernilai tambah untuk diaplikasikan di bidang kesehatan, pertanian, lingkungan, dan energi. Untuk mencapai misi tersebut, perlu ada integrasi antara ilmu dan teknologi dalam biokimia, biologi sel dan molekuler, proses biologi, kultur sel dan jaringan, teknologi fermentasi, rekayasa genetika, teknologi DNA dan bioinformatika.
Untuk menyelesaikan program ini, mahasiswa harus memperoleh minimal 36 SKS yang terdiri dari 27 SKS mata kuliah wajib ditambah 9 SKS mata kuliah pilihan. Program ini mewajibkan mahasiswanya untuk melakukan proyek penelitian (BT5091, BT6090, and BT6091).Keseluruhan program diharapkan dapat diselesaikan dalam empat semester.
