Sejalan dengan Program Master Teknik dan Manajemen Industri, program doktoral di bidang yang sama memiliki subjurusan atau spesialisasi di bidang berikut:
Sistem Manufaktur
Ergonomi
Manajemen Industri
Sistem Informasi Enterprais
Sistem Industri dan Rantai Pasok
Program doktoral ini memiliki 50 SKS yang ditempuh lima hingga enam semester.
