Institut Teknologi Bandung

Kamis (22/6) kemarin menjadi hari terakhir acara The Gruber-Soedigdo Lecture 2006. Acara ini ditutup dengan workshop “Carbohydrate Acting Enzymes:Structure, Modelling, and Application” yang pada sesi terakhir hari itu mengambil topik “Thermal Denaturation of Chimotrypsin Inhibitor”. Dr. Rukman Hertadi dari Kelompok Keahlian (KK) Biokimia Prodi Kimia ITB menjadi instruktur pada sesi tersebut. Beliau menuntun para peserta menggunakan software Visual Molecular Dynamics (VMD) 1.84 dan Nanoscale Molecular Dynamics (NAMD) 2.6 dalam membuat model representatif proses pendenaturasian protein oleh suhu. Pergerakan molekuler dalam hitungan waktu nanosekon ataupun pikosekon seringkali menyulitkan pengamatan terhadap suatu proses yang terjadi pada molekul tertentu. Simulasi pergerakan molekul/molecular dynamics (MD) telah menjadi alat yang cukup ampuh dalam mengamati pergerakan molekul yang amat cepat. Didasarkan pada hukum fisika Newton, kita mampu mengeksplorasi berbagai dinamika yang menarik pada molekul di tingkat atomik dengan simulasi MD ini. Workshop “Thermal Denaturation of Chimotrypsin Inhibitor” ini mengenalkan dan memberikan peserta kemampuan dasar penguasaan perangkat lunak simulasi MD seperti VMD dan NAMD yang bersifat open source bagi penggunaan bertujuan akademik. “Sebagian besar peserta workshop ini bukan civitas ITB. Di prodi kami pengetahuan tentang perangkat-perangkat lunak tersebut sudah mahasiswa dapatkan dalam matakuliah “Komputasi Kimia”.”, jelas Dr. Rukman Hertadi. “Simulasi ini sangat berguna, apalagi dalam bidang farmasi. Dengan perangkat lunak simulasi pergerakan molekul semacam ini kita bisa meningkatkan efisiensi waktu dalam pencarian senyawa sebagai obat baru.”, lanjutnya. “Dalam penggunaan umum, perangkat lunak simulasi MD ini selain digunakan untuk mempelajari Kimia Lanjutan, juga mengubah paradigma yang mengatakan bahwa penelitian molekuler sangat mahal. Kini dengan pengembangan berbagai perangkat lunak simulasi MD ini, kita dapat mengadakan penelitian tentang perilaku molekul tanpa dana besar.” Workshop The Gruber-Soedigdo ini sendiri dilaksanakan selama dua hari pada tanggal 21-22 juni 2006 di Prodi Kimia dan Basic Science Center (BSC) A ITB. Workshop ini merupakan kelanjutan dari acara seminar yang telah diselenggarakan sebelumnya (20/6). The Gruber-Soedigdo Lecture 2006 sendiri merupakan acara yang diinisiasi oleh Universitas Groningen-Belanda sebagai dedikasi kepada Prof. Max Gruber dan muridnya, Prof. Soedigdo. “Diharapkan acara ini akan dapat terselenggara tiap tahun”, ungkap Dr. Rukman Hertadi. (astriddita)